Der spätere Neubaubezirk hat sich den Namen dieses mittelalterlichen Angerdorfes gegeben, dessen erste Erwähnung aus dem Jahre 1300 stammt. Darin wird dem Nonnenkloster Friedland der Besitz von drei Hufen Land im Dorf Morczane bestätigt. 

Das Dorf liegt wie eine Insel inmitten der Neubausiedlung und ist mit seinen Bauernhöfen noch nahezu komplett erhalten. Es steht unter Denkmalschutz, ebenso wie die 1870/71 anstelle der mittelalterlichen Feldsteinkirche nach Plänen von Friedrich August Stüler errichtete Dorfkirche, das Gasthaus „Zum Marzahner Krug“ und die alte Dorfschule, das heutige Bezirksmuseum.

Stark geprägt wurde das Dorf durch die Einwanderung von Kolonistenfamilien aus der Pfalz ab 1764. Friedrich II. hatte sie nach dem Siebenjährigen Krieg (1756-1763) in die Region geholt, um die verödeten Dörfer neu zu beleben. Die Einwanderer bildeten für mehrere Jahrzehnte eine eigene Dorf- und Kirchgemeinde. Noch heute erinnern Straßennamen wie Grohsteig oder Oppermannstraße an die Pfälzer Vorfahren. 

Seinen dörflichen Charakter hat Marzahn lange behalten. Um die Wende zum 20. Jahrhundert lebten hier gerade einmal 700 Menschen. Erst mit der Eröffnung eines Bahnhofes der „Wriezener Bahn“ im Jahre 1898 rückte der kleine Ort etwas näher an die Stadt. Die neue Verbindung diente vor allem dem Transport von Obst und Gemüse der hiesigen Bauern auf die Berliner Groß- märkte. Von der um 1900 beginnenden Siedlungstätigkeit blieb Marzahn jedoch weitgehend unberührt.

1920 wurde auch Marzahn, wie seine Nachbarn, nach Berlin eingemeindet und Teil des Bezirkes Lichtenberg. Zu den unrühmlichen Daten seiner Geschichte gehören 1936 die Errichtung eines Zwangslagers für Sinti und Roma unweit des Dorfes und der Bau des Rüstungsbetriebes „Hasse & Wrede“ zwischen 1940 und 1942, der auf seinem Gelände ebenfalls zwei Zwangsarbeiterlager unterhielt.

In den 1970er-Jahren wuchsen auf ehemals meist landwirtschaftlich genutzten Flächen die ersten Neubauten für die Groß- siedlung Marzahn heran. Innerhalb von nur 12 Jahren wurden fast 60.000 Wohnungen gebaut. Zum eigenständigen Bezirk wurde Marzahn am 5. Januar 1979. Die alte Dorfanlage ist in den 1980er-Jahren aufwändig rekonstruiert worden. Dabei wurden viele Gebäude im Stil der historischen Backsteinhäuser wieder aufgebaut. Die weithin sichtbare Marzahner Mühle ist ein Neubau aus dem Jahre 1994. Sie steht jedoch für die historische Mühlentradition Alt-Marzahns und ist ein Anziehungspunkt für Besucher.